在《三体》这部科幻巨作中，叶文洁背叛人类的原因是多方面的。首先，她对浩劫时期的人性失望。她的父亲、物理学家叶哲泰被小将用皮带抽打，这让年轻的心灵受到了极大的创伤。而母亲邵琳又被安排揭发了叶文洁的父亲，导致家庭破裂，父亲在批斗会上惨死。这一切人性的丧失和动荡年代，让她对同类产生深深的恐惧，对人性的失望让她心灰意冷。

其次，被人出卖加剧了她的绝望。在内蒙古生产建设兵团务农期间，她与记者白沐霖相遇后，对他的善良和真诚感到欣赏。但最终因白沐霖出卖而落入陷阱，再次经历背叛，使得她对人类更加失望透顶。

再者，在红岸基地工作期间，她遭到雷政委欺骗，一直利用她的研究成果。一旦发现真相，她意识到自己曾经投身于一个虚假的世界里。

最后，当她找到当年父亲的人，却发现他们毫无悔意，即使有道歉之意也仅限于表面。她开始质疑人类是否真的能够自我改进，或是需要外界干涉。这些一次次的挫折，让叶文洁相信只有外星人的介入才能改变人类历史，因此她决定向宇宙发出信号，以引导三体星球对地球进行定位，最终促成了三体舰队布局侵略地球。这一切都是由一系列复杂的情感和心理因素所驱动。