在《三体》这部科幻巨作中，叶文洁背叛人类的原因是多方面的。首先，她对浩劫时期的人性失望。她的父亲、物理学家叶哲泰被小将用皮带抽打，这让年轻的心灵受到了极大的创伤。而母亲邵琳后来揭发了父亲的“罪行”，导致家庭破裂，父亲在批斗会上惨死，这些经历让她对人性的丧失感到深深恐惧，对人性的光辉感到绝望。

其次，她被人出卖，让她对人性更加失望透顶。在内蒙古生产建设兵团务农期间，被记者白沐霖借给的一本书《寂静的春天》影响了她的观念。这本书表达了人类无法自我道德约束，需要外部力量支持的思想，这种思想在她心中播下了一颗种子。当白沐霖出卖了她，而部主任调查时，她成为了替罪羊，这次事件加剧了她的绝望感。

再者，当叶文洁进入红岸基地后，她遭遇雷政委欺骗，他一直利用并控制着她的研究成果。她发现自己不仅没有得到应有的尊重和报酬，还成了别人的工具。此外，在离开红岸基地之后，她找到了当年保护过父亲的人，但他们毫无悔意，不但没有道歉，还断绝了与她的关系，这一连串事件又一次触动了她的悲观情绪，使得她对人类变得更为怀疑。

最终，在红岸基地期间，叶文洁偶然发现发射器可以借助太阳放大信号向外星球发送信息。这使得她回忆起所有不幸经历，以及整个世界所承受的苦难。她觉得解决办法就在于引入外星力量改变这个世界，因此，无情地决定向宇宙发出信号，使三体星球执政官准确定位地球，并决定发动侵略。