在遥远的未来，地球上诞生了一个名为“N.E.S.T.”（国家紧急应对团队）的组织，它由人类和奥特曼合作，保护地球免受外星侵犯。然而，当一艘来自深渊的飞船突然出现在地球轨道上时，N.E.S.T.发现自己面临前所未有的威胁。

这艘飞船携带着一个被称作“激光之轮”的神秘装置，这个装置拥有巨大的能量，可以摧毁整个星球。奥特曼们意识到必须找到一种方法来阻止这个装置，并且他们需要帮助。于是，他们联系到了变形金刚——一支由不同的机器人组成的战斗队伍，以其卓越的技术和勇敢的心灵闻名于世。

变形金刚与奥特曼结盟后，一起展开了对抗这艘飞船和它背后的敌人——德斯帕克帝国的战争。在漫长而血腥的一系列战役中，变形金刚们展示了它们多样化、高效且坚韧不拔的一面，无论是在空中还是在地面上的战斗，都给敌人以致命打击。

但是，与此同时，一些变形金剛开始怀疑这一切是否真的值得付出如此高昂代价。一部分成员开始质疑领导者欧普顿（Optimus Prime）的决策，他们认为应该寻找更为平衡、更为温和解决问题的手段，而不是简单地使用暴力解决一切问题。这引发了一场内部冲突，使得原本团结一心的变形金剛分裂成了两个阵营。

最终，在一次关键时刻，经过深思熟虑之后，欧普顿决定放下架构，将激光之轮交还给德斯帕克帝国，并希望通过谈判来结束战争。他相信，只有通过理解与尊重彼此之间差异性才能建立真正持久的人类与外星文明关系。而在这过程中，他也体现出了作为领导者的伟大魅力，以及对于正义与和平至上的坚定信念。