《使徒行者2：山河之影》剧情错综复杂，6集后方能揭开真相。故事主线交织于洪武年间的悲剧与权谋，以及建文年间的恩义与反转。宋鹤鸣之死、陆铮父子之冤屈、李雾的小生意和大梦，以及沐景高家破人亡背后的秘密，都在这部作品中交错展开。

洪武二十五年，太子朱标薨逝，朱元璋悲痛欲绝，不惜杀戮功臣，以泪洗面。宋鹤鸣因持有太子秘密被杀，其子宋真误以为李雾是凶手，而实际上是陆铮救了他，并改名为陆铮。陆铮秉公执法，为父亲报仇，却不曾料到自己也将遭受陷害，被判逆党。

数年后，建文三年，雷震作奸犯科，被陆铮绳之以法。而李雾为了寻找宋真，便冒充千户李东方，一路闯入王克恭府邸，与陆铮擦肩而过。在王克恭昙花宴当晚，他遇到了原来的敌人，但彼此都不知道对方的真正身份。此时王克恭突然被暗杀，而陆铮却因为一场误会，被贴上了逆党标签。

然而，这一切似乎都是燕王地下组织夜不收的一部分，他们利用鱼暝锁这个关键证据来牵涉各方势力。而张俊清，即沐景高长女的人质，也成了袁大人控制的一个棋子。他得知鱼暝锁被偷走后，不顾一切地追查下去，最终被发现并遭袁大人所杀。

谢铿然作为夜不收哨探，与陆铮有一段复杂的情谊，他在临死前嘱托李雾替他伸冤，同时隐瞒自己的身份。此时三位人物——舒棠、张俊清和李东方——在争夺鱼暝锁的过程中相互厄战，最终导致双双身亡，只留下了一个疑惑：谁才是真正的英雄？

最后，李雾开始堂堂正正地假扮成已故的千户，并让舒棠成为他的妻子，从而踏上了还义之路。但这一切是否足以洗净他们过去的罪行？他们如何找到家破原因？这些问题留给观众六集之后去解答。这部作品通过精心编织的人物关系和复杂的情节，让观众在追看完六集之后才能够完全理解其深层次意义。